Fakültemiz 23 Haziran 2012 tarihli ve 28332 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 14/05/2012 tarihli ve 2012/3209 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuş olup, 2013-2014 eğitim-öğretim yılında bünyesindeki İlahiyat Programına ek kontenjan ile 40 öğrenci alarak eğitim-öğretime başlamıştır.

2012-2022 yılları arasında eğitim-öğretim ve akademik faaliyetlerini Necatibey Eğitim Fakültesi B-Blok binasında gerçekleştirmiştir.

Fakültemiz, 2022 yılının Ekim ayında Balıkesir Üniversitesi Çağış Yerleşkesinde yapımı tamamlanan "Yeni İlahiyat Fakültesi Binası"na taşınarak; lisans ve yüksek lisans programlarında eğitim-öğretim ve akademik faaliyetlerini bu binada sürdürmeye başlamıştır.