Merkezin amacı; Balıkesir üniversitesi kampusü içinde üniversite yönetimi tarafından Botanik bahçesi ve Herbaryum kurulması amacı ile ayrılmış ve tahsis edilmiş alanda; Botanik bahçesi ve Herbaryum için gerekli fiziki altyapıyı oluşturmak, devamında, Botanik bahçesi ve Herbaryumu tesis etmek ve sürekli olarak geliştirmek.  Botanik bahçesi ve herbaryum ile ilgili tüm alanlarda, yurt içi ve dışındaki diğer kurumlarla işbirliği yaparak stratejik plan ve hedefler çerçevesinde Türkiye bitkileri ve bitki örtüsü ile ilgili çeşitli alanlarda bilimsel araştırma yapmak, materyal toplamak, bunlardan teşhir ve değişim koleksiyonları meydana getirmek, materyal ve personel değişimi yaparak, karşılıklı bilimsel işbirliğinde bulunmak, bitkilerin gen kaynaklarının korunmasına katkıda bulunmak ve tanıtımlarını sağlamak, lisans, yüksek lisans, doktora öğrencileri ve ilgili konularda çalışan öğretim üyelerinin uygulamalı çalışmalarına destek olmak, İlköğretim ve ortaöğretim ile yüksek öğretimdeki okullarının öğrencilerine bitkileri tanıtmak, sevdirmek ve çevre bilincinin oluşmasına ve çevrenin korunmasına katkı sağlamaktır.