Türkiye'nin en köklü okullarından biri olarak 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren 3837 sayılı Kanun ile kurulan Üniversitemiz; Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı ile Sağlık Bakanlığı arasında imzalanan bir anlaşma ile 10 Eylül 1992 tarihinde Sağlık Yüksekokulu olup ön lisans düzeyinde eğitim öğretime başlamış 2 Kasım 1996 tarih 96/685 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Balıkesir Sağlık Yüksekokulu olarak lisans düzeyinde eğitime geçilmiştir.

25 Nisan 2007 yılında çıkarılan Hemşirelik Kanunu değişikliği sonrası Sağlık Memurluğu Bölümü kapatılarak Hemşirelik bölümünde eğitim verilmeye başlanmıştır.

Daha sonra, 14.06.2018 tarih ve 30451 Sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 2018/11959 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Sağlık Bilimleri Yüksekokulu kapatılması sonucu Sağlık Bilimleri Fakültesi (SBF) bünyesine alınmıştır.

Ayrıca Balıkesir Üniversitesi Rektörlüğü'nün, Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde lisansüstü programlar açılması konusundaki teklifi 19/02/2020 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu toplantısında incelenmiş ve 25/12/2014 tarihli Yükseköğretim Genel Kurul Kararı dikkate alınarak, Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği'nin 4. ve 7. maddeleri uyarınca, Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde hemşirelik bölümü anabilim dallarından Halk Sağlığı Hemşireliğine ilişkin “Halk Sağlığı Hemşireliği Tezli Yüksek Lisans Programı” bulunmaktadır.