Türkiye'nin en köklü okullarından biri olarak 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren 3837 sayılı Kanun ile kurulan Üniversitemiz; Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı ile Sağlık Bakanlığı arasında imzalanan bir anlaşma ile 10 Eylül 1992 tarihinde Sağlık Yüksekokulu olup ön lisans düzeyinde eğitim öğretime başlamış 2 Kasım 1996 tarih 96/685 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Balıkesir Sağlık Yüksekokulu olarak lisans düzeyinde eğitime geçilmiştir.
25 Nisan 2007 yılında çıkarılan Hemşirelik Kanunu değişikliği sonrası Sağlık Memurluğu Bölümü kapatılarak Hemşirelik bölümünde eğitim verilmeye başlanmıştır.
Fakültemiz bünyesinde Eğitim Öğretim faaliyetlerine devam eden Hemşirelik ve Ebelik Bölümlerinin yanı sıra, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 03.02.2012 tarih ve 5765 sayılı olurlarıyla açılması uygun görülen Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Bölümü, Beslenme ve Diyetetik Bölümü ile 27.01.2021 tarihli olurlarıyla açılması uygun görülen Gerontoloji Bölümü bulunmaktadır. Gerontoloji Bölümü, 2024-2025 Eğitim Öğretim Yılında Eğitim Öğretime başlayacak olup Beslenme ve Diyetetik Bölümüne henüz öğrenci kabulü yapılmamaktadır.
14.06.2018 tarih ve 30451 Sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 2018/11959 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Balıkesir Üniversitesi Balıkesir Sağlık Yüksekokulu kapatılarak Balıkesir Üniversitesi Sağlık Bilimleri Fakültesi (SBF) kurulmuştur.
Ayrıca Balıkesir Üniversitesi Rektörlüğü'nün, Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde lisansüstü programlar açılması konusundaki teklifi 19/02/2020 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu toplantısında incelenmiş ve 25/12/2014 tarihli Yükseköğretim Genel Kurul Kararı dikkate alınarak, Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği'nin 4. ve 7. maddeleri uyarınca, Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde fakültemiz anabilim dallarından Ebelik, Hemşirelik, Halk Sağlığı Hemşireliği ve Fizyoterapi ve Rehabilitasyona ilişkin “Halk Sağlığı Hemşireliği Tezli Yüksek Lisans Programı” “Ebelik Tezli Yüksek Lisans Programı” “Hemşirelik Tezli Yüksek Lisans Programı” ve “Fizyopterapi ve Rehabilitasyon Tezli Yüksek Lisans Programı” bulunmaktadır.